Hun har siden 2010 haft ansvar for psykiatri, handicap, kommunesamarbejde med sundhedsaftaler og en række udvalg. Herunder Psykiatri- og handicapudvalget, Kommunekontaktudvalget, Sundhedskoordinationsudvalget og en række dialogfora.
Katja Kayser har haft HR-området og politisk sekretariat under sig og er formand for Region Hovedstadens VirksomhedsMED.
Hun tiltræder den nye stilling i Københavns Kommune den 14. januar 2013.